Dr. Josch Konstantin Pauling
Zentrum Digitalisierung Bayern (ZD.B) - Nachwuchsgruppe
LipiTUM - Eine Plattform für Computational Lipidomics und Lipotypisierung in der Systemmedizin
School
Wissenschaftliche Laufbahn und Forschungsgebiete
Dr. Pauling studierte Naturwissenschaftliche Informatik an der Universität Bielefeld. In Kollaboration mit dem ISAS in Dortmund schrieb er seine Diplomarbeit zum Thema Massenspektrometrie-basierte Metabolomik. Er arbeitete als wissenschaftlicher Mitarbeiter am Max-Planck-Institut für Informatik in Saarbrücken im Bereich Netzwerkbiologie bevor er an der Syddansk Universitet in Odense, Dänemark seinen Doktorgrad in Naturwissenschaften, Biochemie und Molekulare Biologie, Biologische Massenspektrometrie und Proteomik (Dr. rer. nat. Äquivalent) verliehen bekam. Er begann als Postdoc in der Gruppe von Edda Klipp an der Humboldt-Universität zu Berlin als Mitglied des Deutschen Forschungsnetzwerks für Liver Systems Medicine (LiSyM, Systembiologie der Leber).
Dr. Pauling forscht im Bereich der Rechner-basierten Lipidomik. Seine Gruppe entwickelt die Plattform LipiTUM, die sich auf die Automatisierung des gesamten Analyseprozesses ausgehend von Rohspektren bis hin zum Data Mining spezialisiert, um die Lipidomik als festen Bestandteil von Biomarkeridentifikation oder dem Aufsprüren von Zielstrukturen für Wirkstoffe zu etablieren. Dies ermöglicht die Freisetzung des Potenzials der Lipidomik und erweitert das Feld der Präzisionsmedizin.
Schlüsselpublikationen
Ellis SR, Paine MRL, Eijkel GB, Pauling JK, Husen P, Jervelund MW, Hermansson M, Ejsing CS, Heeren RMA: „Automated, parallel mass spectrometry imaging and structural identification of lipids“. Nature Methods. 2018; 15: 515-518.
AbstractPauling JK, Klipp E: “Computational Lipidomics and Lipid Bioinformatics: Filling In the Blanks”. Journal of Integrative Bioinformatics. 2016; 13 (1), 34–51.
AbstractAlmeida R, Pauling JK, Sokol E, Hannibal-Bach HK, Ejsing CS: „Comprehensive Lipidome Analysis by Shotgun Lipidomics on a Hybrid Quadrupole-Orbitrap-Linear Ion Trap Mass Spectrometer“. Journal of The American Society for Mass Spectrometry. 2015; 26 (1): 133-148.
AbstractJK Pauling, Christensen AG, Batra R, Alcaraz N, Barbosa E, Larsen MR, Beck HC, Leth-Larsen R, Azevedo V, Ditzel HJ, Baumbach J: “Elucidation of epithelial–mesenchymal transition-related pathways in a triple-negative breast cancer cell line model by multi-omics interactome analysis”, Integrative Biology. 2014; 6: 1058-1068.
AbstractPauling JK, Röttger R, Tauch A, Azevedo V, Baumbach J: „ CoryneRegNet 6.0—Updated database content, new analysis methods and novel features focusing on community demands“.Nucleic Acids Research. 2012; 40 (D1): D610-D614.
Abstract