Dr. Melanie Schirmer

Emmy Noether-Nachwuchsgruppe (DFG)

Der Einfluss des oralen Mikrobioms auf die Entstehung und Entwicklung von Magen-Darm-Erkrankungen

Wissenschaftliche Laufbahn und Forschungsgebiete

Die Forschung von Dr. Schirmer beschäftigt sich mit den komplexen Gemeinschaften von Mikroorganismen, die in und auf dem menschlichen Körper leben, dem sogenannten Mikrobiom. Bei vielen Erkrankungen, wie z.B. chronisch-entzündlichen Darm- und Immunerkrankungen, liegt ein Ungleichgewicht des Mikrobioms vor. Die Bedeutung dieser Veränderungen ist jedoch weitgehend unbekannt. Bisherige Studien haben Veränderungen in der Zusammensetzung des Mikrobioms und krankheits-assoziierte bakterielle Spezies identifiziert. Stämme derselben Spezies können jedoch erhebliche funktionale Unterschiede aufweisen. Daher ist es wichtig die stamm-spezifischen funktionalen Kapazitäten des Mikrobioms, sowie deren Stoffwechselprodukte, zu untersuchen, um bessere Ansätze zur Behandlung und Prävention von Krankheiten zu entwickeln. Dr. Schirmer beantwortet diese Fragen mit Hilfe bioinformatischer Analysen von hochdimensionalen Omics-Datensätze in Kombination mit der experimentellen Validierung des Krankheitspotenzials dieser Organismen. So werden entscheidende Einblicke in die Rolle mikrobieller Stämme für die Entstehung und Entwicklung von Immun- und Magen-Darm-Erkrankungen geliefert.

Dr. Melanie Schirmer studierte Mathematik an der Universität Bonn (Diplom) und der University of Technology Sydney (Australien). Anschließend promovierte sie im Bereich Bioinformatik an der University of Glasgow (Schottland). Als Postdoc verbrachte sie 3 Jahre am Broad Institute of MIT and Harvard & Harvard T.H. Chan School of Public Health und untersuchte welche Rolle das menschliche Mikrobiom in chronisch-entzündlichen Darmerkrankungen spielt. Danach arbeitete sie für weitere 2 Jahre als Bioinformatikerin am Broad Institute. Seit April 2020 leitet sie eine Emmy Noether Gruppe am ZIEL Institute for Food & Health.

    Wichtigste Auszeichungen

    • Emmy-Noether Programm der Deutschen Forschungsgemeinschaft (2020)
    • Career Development Award der Crohn's and Colitis Foundation (2018)
    • Auszeichnung für wissenschaftliche Leistungen als Nachwuchsforschende (The American Gastroenterological Association) (2018, 2017)

    M. Schirmer, L. Denson, H. Vlamakis, E.A. Franzosa, S.M. Thomas, N.M. Gotman, P. Rufo, S.S. Baker, C. Sauer, J. Markowitz, M. Pfefferkorn, M. Oliva-Hemker, J. Rosh, A. Otley, B. Boyle, D. Mack, R. Baldassano, D. Keljo, N. LeLeiko, M. Heyman, A. Griffiths, A. Patel, J. Noe, S. Kugathasan, T. Walters, C. Huttenhower, J. Hyams, R.J. Xavier: „Compositional and temporal changes in the gut microbiome of pediatric ulcerative colitis patients are linked to disease course“. Cell Host & Microbe, 2018

    Abstract

    M. Schirmer, E.A. Franzosa, J. Lloyd-Price, L.J. McIver, R. Schwager, T. Poon, A.N. Ananthakrishnan, E. Andrews, G. Barron, K. Lake, M. Prasad, J. Sauk, B. Stevens, R.G. Wilson, J. Braun, L.A. Denson, S. Kugathasan, D.P.B. McGovern, H. Vlamakis, R.J. Xavier, C. Huttenhower: “Dynamics of metatranscription in the inflammatory bowel disease gut microbiome“. Nature Microbiology, 2018

    Abstract

    M. Schirmer, S.P. Smeekens, H. Vlamakis, M. Jaeger, M. Oosting, E.A. Franzosa, R. ter Horst, T. Jansen, L. Jacobs, M.J. Bonder, A. Kurilshikov, J. Fu, L.A.B. Joosten, A. Zhernakova, C. Huttenhower, C. Wijmenga, M.G. Netea and R.J. Xavier: „Linking the human gut microbiome to inflammatory cytokine production capacity“. Cell, 2016

    Abstract

    M. Schirmer, R. D’Amore, U.Z. Ijaz, N. Hall and C. Quince: “Illumina error profiles: resolving fine-scale variation in metagenomic sequencing data“. BMC Bioinformatics, 2016

    Abstract

    M. Schirmer, U. Z. Ijaz, L. D’Amore, N. Hall and C. Quince: „Insight into biases and sequencing errors for amplicon sequencing with the Illumina MiSeq platform“. Nucleic Acid Research, 2015

    Abstract