Prof. Dr. Mathias Wilhelm

Professur

Computational Mass Spectrometry

Wissenschaftliche Laufbahn und Forschungsgebiete

Professor Wilhelm (*1984) erforscht wie massenspektrometrische Daten besser verstanden, langfristig für die breite wissenschaftliche Gemeinschaft nutzbar und Erkenntnisse daraus für Forschung und Klinik nützlich gemacht werden können. Dazu entwickelt er Plattformen und Werkzeuge, mit denen Wissenschaftler eigene Daten auf integrative Weise auswerten, analysieren und interpretieren können. Hierfür verwendet er modernste Methoden der Informatik, wie In-Memory-Datenbanken und Neuronale Netze.

Professor Wilhelm studierte Bioinformatik und naturwissenschaftliche Informatik an der Universität Bielefeld. Nach einer Anstellung an der Harvard Medical School am Children’s Hospital Boston, begann er 2012 seine Promotion  in „Computational Proteomics“ an der TUM. 2017 wurde er Gruppenleiter der Bioinformatik am Lehrstuhl für Proteomik und Bioanalytik. 2021 wurde Professor Wilhelm auf die Professur für Computational Mass Spectrometry an die TUM berufen. Professor Wilhelm ist Mitbegründer der Biotech-Unternehmen OmicScouts und MSAID.

Gessulat S, Schmidt T, Zolg DP, Samaras P, Schnatbaum K, Zerweck J, Knaute T, Rechenberger J, Delanghe B, Huhmer A, Reimer U, Ehrlich HC, Aiche S, Kuster B, Wilhelm M: “PROSIT: Proteome-wide prediction of peptide tandem mass spectra by deep learning”. Nature Methods. 2019; 16(6):509-518. doi: 10.1038/s41592-019-0426-7.

Abstract

Schmidt T, Samaras P, Frejno M, Gessulat S, Barnert M, Kienegger H, Krcmar H, Schlegl J, Ehrlich HC, Aiche S, Kuster B, Wilhelm M: “ProteomicsDB”. Nucleic Acids Res. 2018; 46(D1):D1271-D1281. doi: 10.1093/nar/gkx1029.

Abstract

Klaeger S, Heinzlmeir S, Wilhelm M, Polzer H, Vick B, Koenig PA, Reinecke M, Ruprecht B, Petzoldt S, Meng C, Zecha J, Reiter K, Qiao H, Helm D, Koch H, Schoof M, Canevari G, Casale E, Depaolini SR, Feuchtinger A, Wu Z, Schmidt T, Rueckert L, Becker W, Huenges J, Garz AK, Gohlke B, Zolg DP, Kayser G, Vooder T, Preissner R, Hahne H, Tõnisson N, Kramer K, Götze K, Bassermann F, Schlegl J, Ehrlich HC, Aiche S, Walch A, Greif PA, Schneider S, Felder ER, Ruland J, Médard G, Jeremias I, Spiekermann K, Kuster B: “The target landscape of clinical kinase drugs”. Science. 2017; 358(6367):eaan4368.  doi: 10.1126/science.aan4368.

Abstract

Zolg DP, Wilhelm M, Schnatbaum K, Zerweck J, Knaute T, Delanghe B, Bailey DJ, Gessulat S, Ehrlich HC, Weininger M, Yu P, Schlegl J, Kramer K, Schmidt T, Kusebauch U, Deutsch EW, Aebersold R, Moritz RL, Wenschuh H, Moehring T, Aiche S, Huhmer A, Reimer U, Kuster B: “Building ProteomeTools based on a complete synthetic human proteome”. Nat Methods. 2017; 14(3):259-262.  doi: 10.1038/nmeth.4153.

Abstract

Wilhelm M, Schlegl J, Hahne H, Moghaddas Gholami A_, Lieberenz M, Savitski MM, Ziegler E, Butzmann L, Gessulat S, Marx H, Mathieson T, Lemeer S, Schnatbaum K, Reimer U, Wenschuh H, Mollenhauer M, Slotta-Huspenina J, Boese JH, Bantscheff M, Gerstmair A, Faerber F, Kuster B: “Mass-spectrometry-based draft of the human proteome”. Nature. 2014; 509(7502):582-7.  doi: 10.1038/nature13319.

Abstract